RIP-seq是研究細胞內RNA與蛋白結合情況,以RNA免疫共沉淀(RIP)為基礎,
采用特異抗體對RNA結合蛋白或者特殊修飾的RNA進行免疫共沉淀后,
分離RNA,通過Illumina測序,
在全轉錄組范圍內研究被特定蛋白特異結合的RNA區域或種類,且可比較多個樣品間差異。
采用卓越的RIP-seq技術,結合高性價比的測序數據和信息分析,
在全轉錄組范圍內對蛋白結合位點進行篩選與鑒定,系統、全面、精準挖掘結合位點,
深度解析目標RNA種類以及其與蛋白的相互作用。
從材料選取,建庫測序,到數據分析,
每一步都需要科學、縝密的設計,以保障高質量研究成果。
諾禾致源RIP-seq測序項目,通過對IP下來的合格RNA樣本,建庫測序,
獲得高質量reads,根據SCC曲線判斷IP效果,通過motif分析判斷IP
的特異性以及分析的可信性,高效預測相關基因,進行功能富集分析、預
測特異蛋白的功能,以及特異蛋白結合的RNA種類。
分析內容 | 解決問題 |
測序數據質量評估 | 過濾掉低質量數據,保證數據質量 |
與參考基因組比對 | scc分析,判斷IP效果 |
peak峰calling | 分析蛋白結合位點 |
樣品間相關性分析 | 判斷實驗分組設計是否合理 |
motif分析 | 蛋白結合序列的偏好性 |
peak峰相關基因注釋 | 尋找蛋白潛在調控或者結合的基因 |
差異peak分析 | 分析不同樣本間差異peak峰 |
相關基因功能分析 | 相關基因GO,KEGG富集分析 |
RIP-seq采用先進的Illumina測序平臺,快速、高效地讀取高質量的測序數據。
諾禾致源高性能計算平臺(High Performance Computing,HPC)采用DELL計算節點和Isilon存儲的高效組合,
實現快速穩定的測序數據分析及交付。隨著公司業務的發展,高性能計算平臺將會持續更新并擴容,
以保證高效的數據處理和安全的數據存儲。
至2015年12月,諾禾致源已經成功對牛、鼠、豬、人,
擬南芥等20多種哺乳動物和模式植物進行RIP測序分析,根據客戶研究的特殊性,
訂制個性化實驗方案,協助客戶完成大量基于NCS的個性化分析。
“科學的方案設計,嚴格的質控管理,專業的分析團隊,豐富的項目經驗,優質的項目服務”,
確保每一個環節都能出色完成,助力出色的科學研究。