850K甲基化芯片

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850K甲基化芯片

甲基化是指在 DNA 甲基化轉移酶的作用下,在基因組 CpG 二核苷酸的胞嘧啶5'碳位共價鍵結合一個甲基基團。DNA 甲基化能引起染色質結構、DNA 構象、DNA 穩定性及DNA 與蛋白 質相互作用方式的改變,從而控制基因表達。

850K甲基化芯片包含>850,000個 CpGs, 分布于增強子、基因編碼區、啟動子區和 CpG 島。相比較于全基因組甲基化檢測,該芯片周期短、價格低,并可以接受 FFPE 樣本。

檢測原理

850K 甲基化芯片流程展示

探針一:

對于每個甲基化位點,都對應設計有兩種探針:M 型磁珠、U 型磁珠。M 型磁珠尾部為 G,用來檢測甲基化位點;U型磁珠尾部為 A,用來檢測未甲基化位點。

基因組上的某一位點如果被甲基化了,那么在亞硫酸氫鹽的處理下,GC 仍為 GC,與M 型磁珠配對,熒光標記的核苷酸摻入后能被檢測到熒光信號,M 型磁珠發光。反之,如果沒有被甲 基化,那么在亞硫酸氫鹽的處理下,GC 變為 GT,與 U 型磁珠配對,延伸后U 型磁珠發光。

探針二::

Infinium Ⅱ 探針只使用一種磁珠,探針末端為 C,配對后只摻入單個堿基。根據熒光類型判斷摻入的堿基類型,即可判斷是否被甲基化。

芯片位點

(1)>90%的 HumanMethylation450 BeadChip 位點
(2)CpG 島以外的 CpG 位點
(3)人類干細胞中的非 CpG 甲基化位點(CHH位點)
(4)腫瘤(多種類型的癌癥)VS 正常樣本中的不同甲基化位點,可以檢測多種樣本類型
(5)FANTOM5 增強子
(6)ENCODE 開放染色質和增強子
(7)脫氧核糖核酸酶超敏位點
(8)miRNA 啟動子區域

技術優勢

(1)廣泛的基因組覆蓋范圍:每個樣本檢測>850,000個 CpG 位點。
(2)分辨率高:單堿基分辨率,可以直接檢測到發生甲基化的確切位點。
(3)高質量的數據:同時采用 Infinium I 及 II 探針設計,使檢測范圍最大化。
(4)可重復性高:自身技術重復相關性R2>0.98;850K VS 450K 交集探針間相關性R2>0.98。
(5)起始模板量低:僅需250 ng,大大節約了樣本量。
(6)適用于 FFPE 樣品。

科學方案設計

從材料選取、探針捕獲、到檢測分析,每一步都需要科學、縝密的設計,以保障高質量研究成果。

信息分析

850K甲基化芯片可以進行DMP、DMR信息挖掘,并進行系列數據分析,助力高分文章發表

分析內容
1. 樣本的 β 值密度曲線
2. 各樣本的 β 值箱線圖
3. PCA 圖
4. 標準化后的甲基化位點總表
5. 差異甲基化位點(DMP)列表
6. 差異甲基化區域(DMR)列表
7. 差異甲基化位點熱圖 / 散點圖 / 火山圖
8. DMP 對應基因的 GO 和 KEGG 富集
9. DMR 對應基因的 GO 和 KEGG 富集
10. Functional Epigenetic Modules 分析
11. CNV 展示
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